L'histoire débute à Tokyo, en 1994 ou des meurtres inexpliqués ont lieu après que les victimes aient joué à un jeu vidéo mystérieux nommé Angel Sanctuary. Apparaît alors Setsuna Mudo, jeune lycéen qui éprouve de tendres sentiments amoureux envers sa jeune sœur Sara. Tourmenté par cet amour interdit, Setsuna ne sait plus comment réagir. Pendant ce temps, des démons sont à sa recherche afin de libérer la grande force destructrice de Setsuna, voyant en lui la réincarnation d'Alexiel, l'ange la plus puissante du paradis...
c'est bien sa ?